Secondo gli storici, si tratta di una delle chiese più ricche di Sciacca. Restaurata e riaperta al pubblico dopo un periodo d’abbandono dal 1907 al 1980, oggi non è più destinata alle funzioni religiose ma utilizzata per mostre ed eventi.
La chiesa venne fondata nel 1342 da Eleonora D'Aragona, moglie di Guglielmo Peralta, Conte di Caltabellotta e Signore della Guerra a Sciacca ma ricordato soprattutto per esse-re stato uno dei quattro vicari del Regno di Sicilia durante il periodo regio della Regina Maria.
Nel tempo la chiesa cambia le sue funzioni. Nel 1594 fu completamente trasformata grazie ad opere d'ampliamento e ristrutturazione dovute ad Antonio Pardo, un mercante Catalano indicato dagli storici come il secondo fondatore.

La struttura che oggi ci perviene quindi risale a quest'intervento di ristrutturazione e d'ampliamento mentre alcune tracce della struttura originaria sono visibili sulle mura perimetrali nel lato meridionale del complesso monumentale.
Per quanto riguarda gli elementi decorativi all’esterno, bisogna menzionare il principale di due portali, che risulta rivolto ad occidente. Questo si presenta in chiaro stile gotico-catalano, costituito da due pilastri ottagonali supportati da una triplice ghiera a bastioni. L'altro Portale è invece quello che si affaccia su “Via Incisa”; una splendida struttura di marmo bianco impreziosita dalla presenza di alcune sculture in basso rilievo.

Una volta all'interno della chiesa, si è immersi in un rincorrersi di vezzi stilistici del tempo. Non un angolo della struttura interna si presenta infatti vuoto o non decorato: angeli, putti, arabeschi, volute e medaglioni, fanno da padroni. Si tratta di splendide decorazioni in chiaro stile barocco che adornano tra l’altro anche il presbiterio risalente al seicento. All'interno della chiesa inoltre troviamo parecchi affreschi di ottima fattura, che però a causa dell'incuria del passato non si presentano in ottimo stato.

Ad ogni modo, degni di nota sono:"La Crocifissione", "La Madonna dell'Itria", "Adorazione dei Magi", "Nascita di Ge-sù", "Il Martirio di Santa Oliva", "L'Adorazione della Croce con tutto il Populo", "Sant'Elena e Costantino", "La Liberazione dalla peste con l'intercessione della Madonna", San Ger-lando", "San Calogero e Santa Rosalia" e "Il Martirio di Santa Barbara".

A quest'ultima è dedicato un altare, nel quale ritroviamo una composizione iconica in marmo scolpito in basso rilievo che descrive la vita di Santa margherita.
Guardando la costruzione da “Piazza del Carmine”, “la Chiesa Santa Margherita può essere apprezzata nel suo insieme. È immediatamente evidente per chi osserva l’imponenza della struttura, come se questa fosse realizzata da un unico blocco dalle forme geometriche piatte. Gli unici elementi che disturbano questa geometria così uniforme sono delle grandi finestre, due portali e sul finire della costruzione un poderoso cornicione lapideo dal quale sporgono dieci grondaie in pietra simili a bocche di cannoni.